2019-2020 futbol sezonunda yer aldığı 1. amatör kümede 100 Yılspor'un şampiyonluğu ardından Balıkesir'de play off oynama hakkı kazanan Sanayispor, büyük bir şanssızlık eseri finalde kaybettiği elemelerde 2. olmuştu.
Balıkesir Amatör Spor Kulüpleri Federasyo 2020-2021 futbol sezonunda kulüp girdilerini indirgeme amacıyla Süper amatör ligde deplasmanları azaltacak bir kararla lige 2 ayrı guruba ayırdı. Buna göre takım ihtiyacı duyulan yeni düzenlemede play off 2. olan Sanayispor'a yapılan katılma teklifi Sanayispor yönetiminde görüşülerek karara bağlandı.
Bandırma'nın istikrarlı amatör takımlarından Sanayispor böylece 2020-2021 futbol sezonunda 100 yıl spor ile birlikte Süper Amatör lig'de mücadele verecek.